以科学发展观为指导，努力把所属各医院建成国内医疗水平最高、医疗服务质量最好、医疗管理水平先进、医疗成本较低的国家级医疗保健基地与全国疑难重症的诊治和指导中心；同时在国家改革、发展的大环境下，以建立新体制、新机制的医疗机构为契机，凝聚协和资源，传承历史优势，开拓创新，为国家医疗体制改革探索经验。
院校机关对所属6家医院（北京协和医院、阜外心血管病医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院、皮肤病医院）实行管理、规划、组织、协调、督促、监督的医疗行政管理部门。将围绕实现院校医疗工作目标而在以下几方面发挥医疗管理职能：
贯彻执行国家在医疗卫生方面的方针、政策、法规；研究国家在医疗卫生方面的方针、政策、法规，制定各时期医院发展规划，指导医院改革；促进医院发展；监督、检查、提高医院的医疗质量、服务质量；推进医疗、服务质量管理的科学化、规范化；促进医、护、技技术水平和管理水平的不断提高；协调各种资源，规划好、建设好新的医疗服务发展平台。
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